丹尼?达可（杰克?盖伦霍尔 饰）患有精神疾病，某天晚  上他受到莫名的召唤，梦游，也因此逃避了一架飞机坠落在他房间天花板上，这样匪夷所思的事故。　　自此以后，他的生活就发生了变化，频频出现幻觉，他时常看见一个兔人弗兰克，后者告诉他世界将在28天6小时48分12秒以后毁灭；他得到了一本书，《

在电影FTF里出现的变种alien从一个基因技术研究公司的员工肚子里钻出来逃跑了。Mulder和Scully找到了Gibson，他带Mulder去找那个alien。Scully证明出Gibson可能是外星人（所有人类都可能是）。X档案现在由Spender和Fowley主管。Gibson最后又不见了。

特工艾利克隶属FBI海外秘密部门，因执行任务失败被撤职，以维修电话为生。一伙雇佣兵闯入艾利克父亲所在的化工厂，企图炸掉化工厂释放神经毒气要挟政府释放重刑犯克鲁格并索要2千万美金的钻石做为赎金。若毒气被释放，整个城市几百万人口将无一幸存。艾利克通过维修电话线路意外收听到匪徒与政府的交易，单枪匹马潜入化