ゴジラ生誕20周年記念作品。ブラックホール第3惑星人がゴジラそっくりのロボット、メカゴジラを使い地球侵略を企てる。ゴジラはアンギラスとともに迎え撃つが返り撃ちに遭う。しかし沖縄の伝説怪獣キングシーサーがよみがえり、ゴジラとともに逆襲に転じる。メカゴジラのキャラクターが大好評を博す。

中学理科老师矢的猛（长谷川初范 饰）是一名心中充满了正义感和责任感的有志之士，对于曾经四处作恶搅得人心惶惶的怪兽，矢的猛深信其实是来自于人类的负能量造就了它们，因此，作为一名老师，矢的猛一直都致力于教导学生们什么是正义，什么是邪恶。 　　可是，矢的猛的一己之力实在微薄，怪兽克莱圣特重现人间，给地球带

星泉（药师丸博子 饰）是一名普通的高中女生，母亲早年去世，父亲亦在最近因车祸离开人间，她孤零零地与父亲的情人麻由美（风祭雪 饰）生活在一起。星泉的远房亲戚是黑帮目高组的组长，如今只剩下四个人的目高组成员为完成组长遗愿，请求星泉代替她的父亲继任组长职务。 　　星泉不忍见成员们走上亡命道路，同意就任，并

德川幕府倒台，日本进入开明的民主时代。但是明治时期政府、军队及至商贾仍存在腐败贪婪的现象。明治八年爆发血税暴乱，小学教师鹿岛刚（大門正明 饰）携家眷旅行途中遭到暴乱农民的袭击，鹿岛和儿子司郎（内田慎一 饰）惨遭杀害，他的妻子小夜（赤座美代子 饰）则被暴民侵犯。在此之后，小夜瞅准时机杀死一名暴徒，入狱