江户后宫两个初来乍到的女子不只要面对勾心斗角的竞争与算计，还发现一个怀恨在心的恶灵，而全天下只有一个流浪的卖药郎能够平乱。

在《剧场版物怪：唐伞》的激烈对决后不久，卖药郎（神谷浩史配音）再次现身，这次他来到了大奥的内庭。先前事件过后，这里正经历一场动荡。出身名门的女子大友牡丹（户松遥配音）接替歌山成为新任总管，并开始推行一种严谨而平衡的领导方式。这种高压政策逐渐加剧了她与曾受天皇（入野自由配音）宠幸的资深花魁富贵（日笠阳

故事发生在2015年的东京立川市，极度发达的网络科技让手机和社交网络成为了人们生活中不可或缺的一部分，与此同时，被称为“MESS”的网络漏洞亦常常给用户带来意想不到的麻烦。为了应对MESS造成的骚乱，一支名为“Gatchaman”的特别行动小组成立了，其中的成员，都是拥有着特殊能力的异能者。 　　拥

故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。