一名在战后日本被囚禁的美国士兵，进入极道的阴暗世界，融入他们的生态以偿还自由。

东京、大阪、京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，且都持有一本《义经记》，被害5人手中的《义经记》均被拿走。　　这日京都古寺山能

在秩序井然的艾嘉王国，人类谨遵祖先的教训，绝不抬头仰望苍穹，放纵思绪流淌狂奔。传说在很久以前，地上的人们挑战造物，结果致令重力反转，难以数计的人类和建筑“坠入”蓝天，销声匿迹。但森严的秩序和自由思想势必发生冲突，少年艾吉（冈本信彦 配音）夜晚偷偷溜到野外，躺在草地上仰望繁星点点的夜空，而就在此时，身

小兰的朋友原子家铃木财团准备展出他们家珍藏的沙皇尼古拉二世家的宝物——回忆之卵，回忆之卵里收藏了沙皇尼古拉二世一家的珍贵照片，由此特别珍贵。岂料在展出之前，却收到了怪盗基德的通知函，上面用迷语的方式列明他盗宝的时间。原子找到小兰的爸爸名侦探毛利小五郎帮忙，当然，真正的幕后高手柯南也会和小兰一起前来。

堂本一辉是著名的钢琴演奏家，两年前突然宣布不再演奏钢琴转而攻向管风琴，更斥资建造了堂本音乐厅，准备在落成之日举行演奏会。然而在演奏会之前，堂本音乐学院的学生相继死去，先是爆炸案，后是单个被杀。　　园子带着柯南一行人来听排练，认识了女高音歌唱家秋庭怜子，拥有绝对音感的秋庭也开始遭遇到危险：润生茶被下药

柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子

个性活泼开朗的妮可（前田玲奈 配音）是雨之国的公主，身为家中最年幼的孩子，她却拥有着不输于任何人的好胜性格。在和姐姐们的游戏之中，妮可成为了输家，因此被迫嫁给了太阳王里维斯（岛崎信长 配音）。 　　在市井传说之中，里维斯是一个仅用了短短三年就称霸了世界的可怕男人，然而，当妮可亲眼见到里维斯之时，却

栗原雪（加隈亚衣 配音）是一名高中二年级的女生。个性温和而又安静的她甚至有些傻气，但深得朋友们的喜爱，对待生活和学习认真刻苦的她虽然常常会惹出小小的麻烦，但这反而增加了她的可爱度，显得是如此的楚楚动人。桃月心也（冈本信彦 配音）是比栗原雪小一岁的高中一年级男生，虽然个头比同龄人小巧，但心也展现出的却

佐原卓子（米仓凉子 饰）是一名经验丰富的律师，在职场上如狼似虎的她常常为了获得胜利而不择手段。一天，同行原山正雄（津川雅彦 饰）找到了卓子，将自己手上的一个案子委托给她，被告是名叫白河球磨子（黑木华 饰）的女人，她被警方控告杀死了自己的丈夫福太郎（中村梅雀 饰）。 　　在一场车祸中，福太郎不幸遇难

木生、静兰、四眼等一行人因一次意外的动乱聚集到蛇王谷，唯有蛇王谷深处的蛇腥花能阻止一切悲剧的发生，在蛇王谷中，一行人从陌生到扶持，最终领悟了”万物共生“的真谛。