奈叶（田村由香里 配音）本是一位平凡的小学三年级女生，却因为意外遇见了来自异世界的尤诺而成为了魔法少女，投入到了争夺遗产的战斗之中。在上一次事件结束之后，奈叶告别了与之结下深厚友谊的菲特（水树奈奈 配音），重新回归了平静的日常生活，接受着魔力训练，以防备敌人的下一轮猛烈袭击。 　　某日，一个神秘的魔

佐佐木雪成（能登麻美子 配音）因为他女性化的外表和柔弱的个性常常遭到班上女生们的欺负，导致他患上了女生恐惧症，一旦有女生接触他，他的身上便会长出荨麻疹。一天，雪成回到家中，打开浴室的门，里面竟然站着他的邻居桐绘（斋藤千和 配音），两人在拉扯之间，桐绘将雪成推到了浴缸中，哪知道雪成就此穿越到了异世界中

虽然出身于历史上最著名的犬神使家族，但川平启太（福山润 配音）似乎并没有继承祖先接触的御神能力，甚至因为能力平庸而被逐出了家门。所以，当犬神阳子（堀江由衣 配音）出现在他的面前，并且愿意和他签下契约的时候，启太想也没想就同意了。没想到，阳子是犬神中的另类分子，异常暴躁又容易暴走的性格和启太的不学无术

东京大街上的一角，某栋高楼的顶层废弃小屋中。町屋翔太正在制作梦想中的火炬，而他的朋友绫瀬明日奈的父亲的尸体，出现在了这座大厦。警察的调查没有什么结果。但第2天一位白发少女给翔太送来了明日奈的父亲写给翔太的“死后文”——死去的人留给生者世界的信息。而送信来的少女，自称文歌。死后文的内容是什么？是对尘世

公元2176年，位于太阳系附近的恒星多鲁突然发生爆炸，巨大的能量使附近的宇宙空间充满了大量电磁波。太阳系也受到了波及，严重的电磁辐射使地球的自然环境发生了巨大的变化，变得不再适合于人类的生存。于是，人类开始了一场异常浩大的移民工程。 180年后，到了公元2356年，人类在地球、火星、土星、木星等各行

在平稳而乏味的乡村生活的少年·近卫刀太， 有着前往都市一展宏图的梦想。 为此，他每天都向养育了自己的亲人， 同时也是优秀的魔法使·雪姬发起挑战。 但，一边战斗一边和睦度日的两人面前出现的赏金猎人， 宣告了平稳乡村生活的终结。 这是，成为不正经者的人们的物语。