这是一个将艺术视为魔法的世界，每一年，星之森魔法艺术高中都会向世界各地输送大量具有魔法艺术家潜质的毕业生，他们会活跃在闪亮的舞台之上，给观众们带来快乐。爱咲小花（千本木彩花 配音）是学校里新来的转学生，盛大而重要的星之森夏日祭即将拉开序幕，初出茅庐的小花，竟然在误打误撞之中成为了祭典的实行委员。

他们拥有梦想。　　总有一天，飞向广阔天空的梦想。　　知晓被玻璃遮盖的这片天空有多么遥远。　　遥远的未来。　　人类在荒废的大地上建设了移动要塞都市“种植园”，并讴歌着文明。　　在那当中建造的驾驶员居住设施“米斯特汀”，通称“鸟笼”。　　孩子们就住在那里。　　对外面的世界一无所知。　　对自由的天空一无所

故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。